Од оснивања Музеја, 1956 године, у организационој шеми постоји Одјељење историје, у првом реду као Одјељење радничког покрета и НОБ-е. Акценат дјеловања стављен је на изучавање и презентацију НОБ-е, са нагалашеним идеолошким усмјерењем, што ће се одразити на структуру формираних збирки и пренаглашену изложбену дјелатност. По усељењу Музеја у данашњу зграду, 1965.године, постављена је прва стална поставка на тему Развој радничког покрета и НОБ-е среза Добој. До 1980. године Историјско одјељење није имало кустоса историчара, те су послове обављали стручњаци других дисциплина. Историјска стална поставка обухвата више тематских цјелина: Средњовјековна Усора, Манастири, Градови-Тврђаве, Османско доба, Аустро-Угарска окупација и управа, Добојски логор, Добојски крај у Краљевини Југославији, у Другом свјетском рату и послијератној изградњи. Експонатима из музејских збирки дат је оквир за сагледавање културно-историјске прошлости и баштине добојског подручја.
Збирке:
- Збирка архивске и мемоарске грађе-по бројност је најбројнија збирка у Одјељењу, са више од 2500 јединица архивске и мемоарске грађе. Систематизована је хронолошки и временски припада периоду прошлог вијека. Архивска грађа је кориштена при писању монографија и других публикација, реализацији историјских поставки, које су презентовале културно-историјску прошлост подручја. У збирци се чувају: извјештаји, рјешења, одлуке, прогласи, наредбе, позивнице, ратни дневници, чланске карте, обвезнице… и друга документа органа војних и цивилних власти, организација, друштава, институција. Најбројнији су документи који се односе на раднички покрет и народно-ослободилачки рат. Поред документарне, посебну емотивну вриједност имају докумената, (Проглас Покретног пријеког суда о осуђеним устаницима на смрт, спискови ухапшених Срба, Јевреја, неколико опроштајних писма устаника осуђених на смрт од стране усташке власти,…). Значајан број архивске грађе у збирци су преписи из других сродних установа. У збирци су и фондови мемоарске грађе учесника НОР-а са преко 600 и фонд Отаџбинског рата са преко 400 бројева.
- Збирка фотографија- збирку чине неколико хиљада фотографија. Основни критеријум за прикупљање је њихова документарност. Фотографијом су овјековјечена значајна историјска збивања, ратна догађања, личности које су обиљежиле историју, науку, културу, спорт, насеља, објекате и др. на простору добојске регије. Фотографијом је забиљежена велика поплава у Добоју јула 1915. године, као и оне из маја 1965., (документовано великим бројем фотографија) и маја 2014.године, (електронска форма). У збирци су и фотографије које прате израстање градова, Добоја, Дервенте, Теслића, Брода…, првих жељезничких објеката, индустријских капацитета, Шећерана у Добоју, Дестилација у Теслићу, Укрина у Дервенти, Рафинерије у Броду и Модричи. Највећи број фотографија је из периода НОБ-е и послијератне изградње добојског подручја. Од 2000. године, када у Музеју почиње употреба дигиталне технике, забиљежено је више хиљада фотографије у електронској форми. Фотографија истраживачу може да пружа низ драгоцјених података о важним детаљима везаним за свекоднево живљење. Збирка садржи и старе разгледнице градова добојске регије с почетка и друге половине 20.вијека као и двадесетак старих фото-албума.
- Збирка оружја, опреме и других предмета– у збирци су примјерци ватреног и хладног оружје, временски од 19. вијека до краја Другог свјетског рата. Пушаке: Манлихер-карабин, француска МАС- 36, Маузер-Заставина М – 24…, неколико кратежа, пиштоља-револвера; Глисенти, Берета, Раст- Гасер, једнометни ловачки, занатски капислари; митраљези: МАКСИМ, МГ- 08, и Мадсен 1924.; бајонети, свечане официрске сабље Војске Краљевине Југославије, њемачки СС нож- Солинг, из Другог свјетског рата- …,). Затим, дијелови војне опреме и наоружања: војнички шљемови, чутурице, ручне бомбе, војне униформе, ( официрски шињел ЈНА, официрска униформа ВРС- радно-ратна и свечана, униформа словеначке војне јединице у саставу СФОРА), опрема цивилне заштите из претходне државе, печати војних и цивилних власти…,( око 100 предмета). У збирци је и неколико старих рачунарских и писаћих машина марке: Мигнон, Тип-Тап, Грове, Халда, Андервуд, Топс, Олимпија, Бисер, Виктор.
- Збирка штафета, ордења и плакета– поред локалних штафета младости, у збирци су и пехари, заставе и заставице које су у послијератним радним акцијама освајале омладинске радне бригаде, олимпијска бакља, ношена на добојском подручју приликом одржавања ОЗИ 1984. године у Сарајеву. У збирци су чувају и одликовања, ордење, плакете, додјељивана појединцима и институцијама у претходној држави за различите заслуге. Збирка броји преко 250 предмета.
- Збирка штампе и диплома– у збирци штампе се чувају примјерци послијератне штампе добојске регије, од педесетих година прошлог вијека: Дервентски лист, добојски Глас комуна, бродски Наш лист, Борбино ванредно издање на Омладинској прузи Шамац-Сарајево, 1947…, дипломе додјељиване појединцима, установама, организацијама…, поводом јубилеја, посебни примјерци каталога. Збирка садржи и штампу везано за Отаџбински рат и вријеме стварања Републике Српске (Српска војска, Крајишки војник, Српска вила,Видовдански, Петровдански и Илиндански билтен, Тенкист, Возућица, Озренске новине, Глас Требаве, Круна, Глас Озрена, Свитања, Озренски видици, Истина, Удрим…).
- Збирка плаката– по времену формирања ово је најмлађа збирка. У њој су плакати, леци, политички и страначки програми, памфлети и други промотивни материјал, од 80-их година прошлог вијека укључујући и период од увођења парламентаризма (1990), па до данашњих дана. Плакатом су најављивани политички, привредни, спортски, културно-просвјетни и други догађаји на регији. Плакат може бити атрактиван експонат у музејским поставкама.
- Збирка старих рукописа– невелику збирку (25 бројева) чине фото-копије средњовјековних повеља , дописа, разрјешница из Дубровачког архива, које имају значај за подручје дјеловања Музеја.
