Природњачко одјељење Музеја у Добоју је најмлађа збирка формирана у последњих неколико година. Дјелатност природњачког одјељења односи се на прикупљање предмета за збирке, научно-истраживачки рад, проучавање предмета, формирање студијских збирки. Фонд природњачке збирке данас броји преко 200 предмета разврстаних у неколико засебних збирки: палеонтолошка, петрографско- минералошка, херпетолошка, ихтиолошка и зоолошка. Оне се свакодневно допуњавају новим предметима и врстама биљног и животињског поријекла. Прикупљени природњачки материјал послужио је као основа за сагледавање природних вриједности простора сјеверне Босне и указао на потребу очувања и заштите природе. У богатим студијским збиркама налазе се представници ишчезлих, ријетких и угрожених врста.
Збирке:
- Палеонтолошка збирка– колекција обухвата налаза квартарних бескичмењака, кичмењака и фосилне флоре при чему је подела базирана на хроностратиграфској класификацији. Збирка остатака кичмењака састоји се од остатака риба и сисара. Палеонтолошки материјал састоји се и од дијелова мамутових костију. Палеоботаничку збирку чине остаци виших и нижих биљака, сачуваних претежно у виду лиснатих отисака и дијелова окамењених стабала и грана. Стијене с фосилним остацима чврст су доказ о геолошкој прошлости и биолошкој еволуцији.
- Петрографско- минералошка збирка– збирка садржи узорке минерала и стијена са подручја сјеверне Босне. Прикупљањем геолошке збирке постиже се потпунији приказ цјелокупне геолошке прошлости како би што боље схватили ток геолошких процеса на овом простору.
- Херпетолошка збирка– студијска збирка водоземаца и гмизаваца састоји се од влажних и сувих препарата.
- Ихтиолошка збирка– збирка садржи колекцију влажних и сувих препарата, сакупљених на територији цијеле сјеверне Босне. У збирци се налазе и вриједни примјерци риба наших вода.
- Зоолошка збирка– збирка броји углавном дермопластичне препарате кичмењака. Колекција сисара је знатно мања, али са репрезентативним примерцима и представља типичну фауну нашег подручја.
